Obec se s následky záplav potýká opakovaně. Po bleskové povodni v červnu 2010 přitom Povodí Moravy s.p. přislíbilo realizaci protipovodňové ochrany do roku 2018. K vybudování zábran však nedošlo a vyčleněné finance byly podle tehdejšího vyjádření přesměrovány na opatření proti suchu.
Samospráva se proto mezi lety 2017 a 2019 rozhodla situaci řešit na vlastní náklady s využitím dotací. Kompletní projektovou dokumentaci sice připravila brněnská společnost Aquatis a.s., v územním řízení ale záměr narazil na nesouhlasná stanoviska – především ze strany Správy železnic, která zamítla úpravu či zkapacitnění železničního mostu u fotbalového hřiště.
Obec tak musela v mezičase provádět alespoň základní neoficiální údržbu toků Kotojedky a Olšinky na vlastní pěst, i když je státní správce vede jako neudržované.
Vzájemnou patovou situaci naplno odhalila neděle 15. září 2024, kdy nejnižší části Zdounek zasáhla další velká voda. Vzhledem k chybějícím oficiálním zábranám přistoupilo vedení obce k rychlému provizornímu řešení.
„Po dohodě s vlastníkem a nájemcem pole naproti hřišti vznikla neoficiální terénní nerovnost. Tento hliněný val má obec chránit do doby, než stát zrealizuje kompletní protipovodňový systém,“ řekl starosta Zdounek Martin Drkula.
Představitelům obce se podařilo Zdounky prosadit do III. plánovacího cyklu Plánů pro zvládání povodňových rizik v povodí Dunaje, které vycházejí z evropské „Povodňové směrnice“ a české vodní legislativy. Obec byla na základě odborných metodik zařazena mezi Oblasti s významným povodňovým rizikem.
Finální protipovodňový systém by měl stát na tocích v katastru obce vybudovat v rozmezí let 2026 až 2033.
Starosta obce Martin Drkula zdůrazňuje, že samospráva bude průběh příprav nadále intenzivně sledovat a vyvíjet tlak na to, aby stát své závazky vůči obyvatelům Zdounek tentokrát včas naplnil.